parseFasta

Convenience wrapper around Fasta!T(T data).

parseFasta
(
T
)
()

Examples

1     string fastaData = q"EOF
2         >sequence1
3         CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT
4         AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACCCTAACCC
5         >sequence2
6         AAGCTGAGCAGGGCTTTAAAGCTATCTTATTAATAATTATTTCTGTATTG
7         TAACCCTAACCCTAAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACC
8 EOF".outdent;
9     auto fasta = fastaData.parseFasta();
10     auto fastaRecords = [
11         FastaRecord!string(q"EOF
12             >sequence1
13             CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT
14             AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACCCTAACCC
15 EOF".outdent),
16         FastaRecord!string(q"EOF
17             >sequence2
18             AAGCTGAGCAGGGCTTTAAAGCTATCTTATTAATAATTATTTCTGTATTG
19             TAACCCTAACCCTAAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACC
20 EOF".outdent),
21     ];
22 
23     assert(fasta.length == 2, fasta.length.to!string);
24     assert(fasta[0] == fastaRecords[0]);
25     assert(fasta[1] == fastaRecords[1]);

Meta