FastaRecord

1     auto fastaRecord1 = q"EOF
2         >sequence1
3         CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT
4         AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACCCTAACCC
5 EOF".outdent.parseFastaRecord;
6 
7     assert(fastaRecord1.header == ">sequence1");
8     assert(fastaRecord1[].equal("CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACCCTAACCC"));
9     assert(fastaRecord1[0 .. 5].equal("CTAAC"));
10     assert(fastaRecord1.toFasta(13).equal(q"EOF
11         >sequence1
12         CTAACCCTAACCC
13         TAACCCTAACCCT
14         AACCCTAACCCTA
15         ACCCTAACCCTAA
16         CCCTAACCCTAAC
17         CCTAACCCTAACC
18         CTAACAACCCTAA
19         CCCTAACCC
20 EOF".outdent));
21 
22     auto fastaRecord2 = q"EOF
23         >sequence2
24         AAGCTGAGCAGGGCTTTAAAGCTATCTTATTAATAATTATTTCTGTATTG
25         TAACCCTAACCCTAAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACC
26 EOF".outdent.parseFastaRecord;
27 
28     assert(fastaRecord2.header == ">sequence2");
29     assert(fastaRecord2[].equal("AAGCTGAGCAGGGCTTTAAAGCTATCTTATTAATAATTATTTCTGTATTGTAACCCTAACCCTAAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACAACCCTAACC"));
30     assert(fastaRecord2[5 .. 10].equal("GAGCA"));
31     assert(fastaRecord2.toFasta(45).equal(q"EOF
32         >sequence2
33         AAGCTGAGCAGGGCTTTAAAGCTATCTTATTAATAATTATTTCTG
34         TATTGTAACCCTAACCCTAAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC
35         AACCCTAACC
36 EOF".outdent));